Nga pikpamja institucionale, NATO ka qenë e pranishme në Ballkan që nga data 18 Shkurt 1952, kur Turqia dhe Greqia ju bashkuan Traktatit të Atlantikut të Veriut. Gjeopolitika e “Luftës së Ftohtë” e bënte të domosdoshme këtë antarësim, sepse, me pozicionimin e dyfishtë të Jugosllavisë së Titos dhe neutralitetin politik ndaj Blloqeve të Shqipërisë komuniste, krijohej “kordoni i sigurisë”, pra mbyllej mundësia e Bashkimit Sovjetik të atëhershëm për të zbritur poshtë në ujërat e Mesdheut.
Ngjarjet e fundshekullit të kaluar në Ballkan, suksesi i Programit PfP, dhe kërkesa e shumë vëndeve ish-komuniste për tu antarësuar në NATO, zhvillimet e fundit në marrëdhënjet Euro-Atlantike dhe problemet që lidhen me sigurinë globale të periudhës së pas viteve 80 dhe veçanërisht, pas 11 Shtatorit, kanë hapur një epokë të re për Aleancën – për rolin e saj si garantuese e sigurisë dhe demokracisë në shkallë globale dhe perceptimin e saj publik dhe politik..
Roli i Aleancës në ish - Jugosllavi u përcaktua institucionalisht dhe politikisht, në përgjigje të konflikteve për territore, të shoqëruara me spastrim etnik, nga Ministrat e Jashtëm të Keshillit të Atlantikut të Veriut në takimin e Osllos, në qershor të vitit 1992. Ata bënë të ditur gatishmërinë e tyre për të mbështetur, mbi bazën rast-pas-rasti, në përputhje me procedurat e tyre, aktivitetet e paqeruajtjes nën përgjegjësinë e (KSBE) (më pas të riemëruar OSBE). Kjo përfshinte vënien në dispozicion të burimeve e kapaciteteve dhe të ekspertizës prej Aleancës për operacione paqeruajtëse.
Në dhjetor të vitit 1992, Ministrat e Jashtëm të NATO-s deklaruan se Aleanca ishte poashtu e gatshme t’i mbështeste operacionet paqeruajtëse nën autoritetin e Këshillit të Sigurimit të Kombeve të Bashkuara, i cili ka përgjegjësinë parësore për paqen dhe sigurinë ndërkombëtare. Ata dhanë të kuptohet gjithashtu se Aleanca ishte e gatshme të përgjigjej pozitivisht në nismat e mëtejshme që mund të ndërmirrte Këshilli i Sigurimit në kërkimin e ndihmës së Aleancës në këtë fushë.
Midis viteve 1992 dhe 1995 Aleanca mori vendime kyçe që çuan tek operacionet e forcave detare te NATO-s, në ndërlidhje me Unionin Evropian Perëndimor, për të monitoruar dhe pastaj për të detyruar embargon dhe sanksionet e OKB-së në Adriatik; dhe nga forcat ajrore të NATO-s, së pari për të monitoruar dhe pastaj për të imponuar zonën e ndaluar të fluturimeve të OKB-së mbi Bosnjë e Hercegovinë. Aleanca gjithashtu ofroi mbështetje të ngushtë ajrore për Forcën Mbrojtëse të OKB-së (UNPROFOR) në Bosnjë e Hercegovinë dhe autorizoi goditje ajrore për të hequr bllokimin e Sarajevës dhe të zonave të tjera të rrezikuara të nominuara nga OKB si “Zona të Sigurta”. Aksioni vendimtar i Aleancës në mbështetje të OKB-së, bashkë me një përpjekje të vendosur diplomatike, theu rrethimin e Sarajevës, solli një armpushim të vërtetë dhe hapi rrugën për zgjidhje të negociuar të mundshme në vjeshtë të vitit 1995.
Gjatë vitit 1998, konflikti i hapur midis forcave të ushtrisë dhe policisë serbe dhe forcave të shqiptarëve të Kosovës rezultoi me vdekjen e 1 500 shqiptarëve kosovarë dhe 400 000 u detyruan t’i lëshonin shtëpitë e veta. Mosreagimi i Presidentit Millosheviq ndaj përpjekjeve diplomatike ndërkombëtare që synonin zgjidhjen paqësore të krizës dhe destabiliteti në Kosovë falë edhe reagimit shqiptar në vetëmbrojtje gjithashtu ishin sinjale alarmues. Diplomacia alternative e mbështetur nga kërcënimet ushtarake shkuan në një fund logjik dhe të pritshëm.
Më 28 Maj 1998, Këshilli i Atlantikut të Veriut, që takohej në nivel Ministrash të Jashtëm, shtroi dy objektiva kryesore ndaj krizës në Kosovë:
të ndihmojë të arrihet një zgjidhje paqësore e krizës
të ndihmojë stabilitetin dhe sigurinë në vendet fqinje me theks të veçantë në Shqipëri dhe në ish-Republikën Jugosllave të Maqedonisë.
Më 20 mars 1999, Misioni Verifikues i Kosovës i OSBE-së u tërhoq nga rajoni, pas përballimit me probleme të krijuara nga forcat serbe detyrën e tij. Ish Ambasadori i SHBA-së Holbruk (Holbrooke) në Beograd bëri një përpjekje të fundit për ta bindur Presidentin Millosheviq t’i ndalte sulmet mbi shqiptarët e Kosovës ose të përballej me goditjet e pashmangshme ajrore të NATO-s. dhe më 23 mars 1999 u dha urdhri për ekzekutimin e goditjeve nga ajri (Operacioni Forcat Aleate). Kontradiktat në gjirin e Aleancës ndikuan vetëm në intensitetin e bombardimeve, ndërsa kanali diplomatik mbetej hapur.
Objektivat e NATO-s në lidhje me konfliktin në Kosovë qenë parashtruar në një Deklaratë të lëshuar në Mbledhjen e Jashtëzakonshme të Këshillit të Atlantikut të Veriut të mbajtur në shtabin e NATO-s më 12 prill 1999 dhe u konfirmuan nga Krerët e Shteteve dhe Qeverive në Uashington më 23 prill 1999:
një ndalim i verifikueshëm i veprimit ushtarak dhe përfundimi i menjëhershëm i dhunës dhe represionit;
tërheqja nga Kosova e forcave ushtarake, policore dhe paraushtarake;
vendosja në Kosovë i një pranie ndërkombëtare ushtarake
kthimi i pakushtëzuar dhe i sigurtë i të gjithë refugjatëve dhe individëve të zhvendosur dhe vendosja e papenguar e organizatave humanitare;
hartimi i një marrëveshjeje kornizë politike për Kosovën në bazë të marrëveshjeve në Rambuje, në përputhje me ligjin ndërkombëtar dhe Kartën e Kombeve të Bashkuara.
Gjatë gjithë konfliktit arritja e këtyre objektivave, bashkë me masat për të siguruar zbatimin e tyre të plotë, është konsideruar nga Aleanca si parakusht për t’u dhënë fund dhunës dhe vuajtjes njerëzore në Kosovë.
Më 10 qershor 1999, pas një fushate ajrore që zgjati 77 ditë, Sekretari i Përgjithshëm i NATO-s Havier (Javier) Solana njoftoi se ai e kishte udhëzuar Gjeneralin Uesli Klark (Wesley Clark), Komandant Suprem i Forcave Aleate në Europë, t’i pezullonte goditjet e NATO-s nga ajri. Ky vendim ishte marrë pas konsultimesh me Këshillin e Atlantikut të Veriut dhe me konfirmimin e Gjenralit Klark se tërheqja e plotë e forcave jugosllave nga Kosova kishte filluar. Kosova mbetet vendi me praninë më të fuqishme të NATO-s në pjesën e Ballkanit ende të mbetur institucionalisht jashtë saj.
Aleanca ka gjetur vazhdimisht mbështetjen e vendeve të rajonit, ku vlen të vihet në dukje roli i Republikës së Shqipërisë gjatë konfliktit dhe më pas. Ajo është sjellë si antare e NATO-s, duke vënë në shërbim të saj hapësirën detare, tokësore dhe ajrore sa herë është nevojitur. Ballkani u bë “gurë prove” për domosdoshmërinë dhe vitalitetin e NATO-s, si një institucion për sigurinë që duhej reformuar, forcuar dhe përshtatur me kushtet dhe sfidat e reja në shkallë globale. Aleanca kishte dalë nga zona e saj tradicionale.
