Diskutimi për territoret e Shqipërisë zgjati nga dhjetori i vitit 1912 deri në gusht 1913. Atje u paraqitën disa porjekte. Fillimisht konferenca u mor me kufijtë veriorë dhe verilindorë.
U zhvilluan debate edhe një dyluftim i ashpër diplomatik, sidomos ndërmjet Austro-Hungarisë dhe Rusisë për qytetet dhe krahinat shqiptare. Sidomos Shkodra u bë strumbullari i gjithë problemit të kufijve të Veriut.
Më 22 mars Konferenca mori vendimin përfundimtar të Fuqive të Mëdha për kufijtë veriorë dhe verilindorë të Shqipërisë. Në kundërshtim të hapur me parimin e kombësisë dhe të vullnetit të popullit shqiptar, nga trungu i Shqipërisë u shkëputën Kosova dhe vise të tjera shqiptare si: Tetova, Dibra, Gostivari, Kërçova, Struga etj., që kaluan në zgjedhën e re serbo-malazeze. Shkodra mbeti në kufijtë e Shqipërisë, të cilët me pak ndryshime ishin, pothuajse të njëjtë me kufijtë e sotëm të shtetit shqiptar.
Nga fundi i marsit, Konferenca e Londrës filloi të merrej me kufijtë jugorë. Edhe këtu debatet ishin të ashpra, sidomos për Korçën dhe Gjirokastrën. Austro-Hungaria dhe Italia luftuan që këto t’i mbeteshin Shqipërisë , duke i quajtur si “shtyllat e Herkulit të Shqipërisë.
Më 11 gusht 1913 Konferenca vendosi që kufiri i Shqipërisë në jug të përfshinte brenda Korçën dhe të dilte në Kepin Stillo në perëndim dhe ishulli i Sazanit t’i mbetej Shqipërisë. Pjesa më e madhe e Çamërisë dhe vise të tjera shqiptare në Jug mbeteshin jashtë shtetit shqiptar. Mbeti i papërcaktuar edhe fati i Gjirokastrës. Me këto vendime , brenda Shqipërisë u përfshinë afërsisht vetëm gjysma e trojeve dhe e popullsisë shqiptare. Gjysma tjetër mbeti jashtë kufijve shtetërorë dhe u shkëput padrejtësisht nga trungu i atdheut. Brenda Shqipërisë u përfshi një minoritet i vogël grek në krahinat e Dropullit dhe të Delvinës.
Konferenca vendosi që të ngriheshin dy komisione ndërkombëtaqre për kufijtë në veri , verilindje dhe në jug të vendit. Këto veprime , mbas veprimtarisë së komisioneve që erdhën në Shqipëri në tetor 1913 u plotësuan me Protokollin e Firences, 17 dhjetor 1913, që përcaktoi kufijtë jugorë dhe juglindorë të vendit. U caktuan kufij që me pak ndryshime ekzistojnë edhe sot. Qeveria greke nuk e kundërshtoi zyrtarisht këtë protokoll, por ajo nuk i tërhoqi menjëherë trupat e saj dhe organizoi në tokat e Shqipërisë së Jugut “lëvizjen autonomiste Vorio-Epiriote”.
Në këtë Konferencë tokat e Shqipërisë u përdorën si monedhë këmbimi,në orvatje për të pajtuar kontadiktat e Fuqive të Mëdha. Populli shqiptar dhe qeveria kombëtare e vlorës kaluan një tronditje të thellë. Kudo u organizuan mitingje dhe manifestime proteste.
Qeveria e Vlorës dërgoi një delegaciontë saj në Londër, i cili bëri përpjekje të mëdha të parandalonte këtë katastrofë , por pa dobi. Në pranverën e vitit 1913 , vetë Ismail Qemali, Isa Boletini dhe Luigj Gurakuqi ndërmorën një udhëtim në Romë, në Vjenë, në Paris e në Londër, për të mbrojtur të drejtat kombëtare të popullit shqiptar. Por ky delegacion u prit me mospërfillje. Ismail Qemali u shpreh qartë se shqiptarët nuk do t’i përkuleshin fatit dhe se do të mbronin çështjen e tyre .
